Firmware updatovat obvykle jde (mám wiinja v2) i s modchipem. Problém může nastat u nových her, jako třeba Super Mario Galaxy, které ve spojení s novým firmwarem (který si samy nainstalují) jsou schopné poznat, že tam modchip máš a nespustí se. Pokud je ale updatovatelný i ten modchip (např. wiinja je až od verze deluxe), tak to není problém a většinou už vyšel update firmwaru i pro chip, se kterým to všechno zase funguje. Jen se musí dát pozor na správný postup při updatu...