Ano, ta hláška, kterou zmiňuješ, je ban na konzoli.
Ještě ale pro ostatní (ve tvém případě už to stejně není relevantní), pro jistotu do třetice, protože se na to určitě zase někdo zeptá:
Kdykoliv se připojíte s konzolí online, ve 100% případech jde komunikace nejprve přes servery Nintenda. Nehledě na to, zda hrajete hru, která s tím vůbec nesouvisí, máte upravené DNS záznamy, stahujete updaty her, nebo sledujete YouTube video - je to úplně jedno. To paradoxně platí i pro EmuNAND.
Ano, nemusíte ban dostat nikdy, ano, můžete ho dostat hned. Online s CFW = riziko banu. Pokud riziko nechcete podstupovat, neinstalujte si CFW.